«نهضت اسلام در آغاز گرفتار یهود شد؛ … بعد از آنها نوبت به طوایفی رسید که به یک معنا شیطان‌تر از یهودند. اینها به صورت استعمارگر از سیصد سال پیش یا بیشتر به کشورهای اسلامی راه پیدا کردند و … مبلغینی که در حوزه‌های روحانیت درست کردند و عمالی که در دانشگاه‌ها و مؤسسات تبلیغات دولتی یا بنگاههای انتشاراتی داشتند و مستشرقینی که در خدمت دولت‌های استعمارگر هستند همه دست به دست هم داده و در تحریف حقایق اسلام کار کردند. به طوری که بسیاری از مردم و افراد تحصیل کرده نسبت به اسلام گمراه و دچار اشتباه شده‌اند»
امام خمینی/ولایت فقیه. صص ۳و ۴
«دشمنی با اسلام: ضدیت و دشمنی با اسلام که در بسیاری از روشنفکران و نویسندگان عصر رنسانس و حتی دوره روشنگری وجود دارد و درباره آن در صفحات پیش به تفصیل سخن گفتیم، به شرق شناسان نیز کم و بیش منتقل گردید و این روحیه در تمام پژوهش های آنان در باب مسائل اقتصادی، تاریخی، اجتماعی، و حتی زبان شناسی مدخلیت یافت. گویی میسیونرهای اسلام ستیز اروپا جای خود را به شرق شناسان داده اند، ولی در واقع اسلام ستیزی با نام اسلام شناسی ادامه یافت و تنها کسوت عوض شد. به جای بحث های کلامی بین اسلام و مسیحیت اینک مسائل به صورت تحقیقات علمی مطرح می شد و انگیزه های سیاسی و اقتصادی با دیدگاه مذهبی آمیخته گردید. دیدگاه خصومت آمیز اروپا نسبت به اسلام این بار در لباس شرق شناسی خود را نمایان ساخت و از وقتی دول اروپایی «تمایل خود را به جانب سیاست آشکار نمودند، مرام مذهبی خود را به مرام سیاسی و موجبات تجاری و استعماری تبدیل نموده و کشورهای اروپا در جهت تأسیس و تشکیل مدارس السنه شرقی برآمدند» .
دیدگاه بسیاری از شرق شناسانی که درباره اسلام و کشورهای مسلمان و مسائل مربوط به آن پژوهش می کردند چنین بود به طوری که «ویستون» (جانشین نیوتون در کمبریج) به خاطر علاقه و اشتیاقی که نسبت به اسلام داشت در سال 1709م . از کمبریج اخراج گردید. با این نگرش، آنها حضرت محمد(ص)لقب شیادی می داددند که سعی می کند خود را مثل حضرت عیسی بشناساند و در پیامبری و آوردن دین جدید از وی تقلید نماید و به همین دلیل اسلام را «دین محمدی» یا «محمدگرایی» نامیدند و این واژه ای است که اروپاییان به قصد توهین و کوچک شماری اسلام آن را به کار می برند.
برای نمونه نظری گذرا به دیدگاه توماس کارلایل (1298-1209 ه.ق/1881-1795م.) فیلسوف و مورخ بزرگ اسکاتلندی می افکنیم. تصویری که کارلایل از حضرت محمد(ص) به دست داده است، اجباراً در خدمت تز و نظریه ای قرار گرفته که کاملا با اوضاع و احوال تاریخی و فرهنگی زمان و مکان آن حضرت بیگانه است. در نظر وی «محمد نه یک وجود خیالی و افسانه ای، نه احساس گرای خجالتی و نه جادوگری قابل تمسخر که کبوتران را تعلیم می داد[چیزهایی که سایر شرق شناسان به آن حضرت نسبت می دادند] بل که او مردی با دیدگاهی واقعی و اعتقادی محکم است و مؤلف کتابی به نام قرآن که عبارت است از مجموعه ای درهم و برهم از یک سلسله مطالب خسته کننده و سرگیجه آور، خام، نتراشیده و ناهنجار با تکرارهایی بی پایان، فاصله هایی طولانی و پر از آشفتگی، به هرحال بسیار خام و نتراشیده و یا به طور خلاصه حماقت غیر قابل دفاع.».
همچنین موئیه (از دیگر شرق شناسان مشهور)، در کتاب های خود به نام های زندگانی محمد(ص) و خلافت و ظهور و سقوط آن که هنوز هم جزء شاهکارهای تحقیقی محسوب می شود، میگوید: «شمشیر محمد و قرآن سرسخت ترین دشمنان تمدن، آزادی و حقیقت هستند که تاکنون بشر شناخته است.» در مقایسه اظهارنظرهایی که شرق شناسی نظیر کارلایل درباره قرآن و اسلام کرده با آن چه میرزا آقاخان کرمانی درباره آن گفته است به قرابت و نزدیکی عجیب این دو اظهارنظر پی می بریم. اگر آقاخان کرمانی با توجه به دسترسی وی به اثار متفکران عصر روشنگری و استفاده اش از پژوهش های شرق شناسان، مستقیماً از دیدگاه چنین کسانی متأثر نشده باشد، حداقل این مسلم است که از دیدگاه حاکم بر شرق شناسی و تفکر غربی متأثر شده است. وی در هنگام سخن گفتن از قرآن کریم آن را «موهومات» می خواند و ایرانیان را به باد سرزنش می گیرد که «به جای نوشته های بزرگمهر حکیم و جاماسب بیداردل و مزدک فرزانه اوراقی به هم ریخته و بی سر و ته به دست مردم دادند که یک جمله آن را هیچ عجمی نمی فهمد»
(رضا بیگدلو، باستان گرایی در تاریخ معاصر ایران، صفحه118)