میرزا فتحعلی آخوند زاده یکی از چهره های فعال و پرنفوذ و آشکارا ملحد کاست روشنفکری و مشروطه است.اگر بخواهیم در میان انبوه نویسندگان و شاعران شبه روشنفکر مورج غرب زدگی شبه مدرن در نسل اول و دوم منورالفکری مشروطه،سه نفر را به لحاظ تاثیرگذاری تئوریک انتخاب نماییم،بی تردید کی از آنها آخوند زاده می باشد.
آخوند زاده در اثار خود رویکردی ماتریالیستی و الحادی،سکولاریستی،ضد اسلام ی و متکی بر ناسیونالیسم باستان گرا به همراه تاکید بر مفاهیم لیبرالیستی نشان می دهد. آخوند زاده در میان منورالفکران غرب زده دوره مشروطه،بیش از دیگران در اهانت به روحانیت شیعه و دین مبین اسلام هتاک و صریح اللهجه بوده است.او در برخی قسمت های آثار خود،آشکارا رویکردی ماتریالیستی و ملحدانه دارد و بر سیطره عقل بشری به جای وحی الهی سخن گفته و تبیین های ماتریالیستی از عالم ارائه می دهد.
در واقع ارکان اندیشه آخوند زاده را می توان این گونه بر شمرد:
1-ماتریالیسم و الحاد صریح
2-بی اعتقادی به معرفت وحیانی و دعوت به حاکمیت عقل مدرن به جای آن
3-سکولاریسم
4-ترویج تئوری خطرناک و ضد فرهنگی تغییر خط و الفبای فارسی
5-ترویج ناسیونالیسم توخالی و بی ریشه باستان گرا
6-ترویج اندیشه التقاطی و اومانیستی پروتستانیزم اسلامی
7-ترویج ایده های لیبرالی و مشروطه به سبک رژیم بریتانیا بر پایه "حقوق طبیعی" و سکولاریسم
8-اعتقاد به "نظریه ترقی" و تقلید از نویسندگان عصر روشنگری و ترویج علم گرایی پوزیتیویستی
9-دشمنی شدید و صریح با اسلام و روحانیت و اعراب مسلمان
...او افسر ارتش تزاری بوده و با محافل فراماسونری ارتباط داشته و ایرانیان را دعوت به تشکیل لژهای فراماسونری و پیوستن به آنها می کرده است.
... آخوند زاده الگوی سیاسی حاکم مورد نظر خود را در پادشاهان مستبد و روشنفکر و مدرنیست قرن هجدهم یعنی فردریک،پادشاه مطلق العنان "پروس" و پطرکبیر،پادشاه مستبد و غرب گرای روسیه جستجو می کند.
...به سال 1274ق رساله "الفبای جدید" را نوشت.او الفبای اسلامی کنونی را "عامل عقب ماندگی" ایران می دانست و در رساله الفبای جدید پیشنهاد تغییر آن را داده است. او ابتدا معتقد به تغییر الفبا و پس از آن معتقد به تغییر کامل آن خط فارسی و طرز نگارش آن گردید. او هدف خود را از تغییر خط،رسیدن ایران به "ترقی" و اروپایی شدن می داند. ادعای آخوند زاده کاملا بی اساس و مبنا است و تجربه تاریخی دولت ترکیه که الفبا و خط خود را تغییر داد اما به قافله غرب مدرن نپیوست وتجربه ژاپن که خط خود را تغییر نداد اما در حلقه غرب امپریالیستی مدرن در آمد،موید خطا بودن دعوی او است.جدا از اینکه ادعای آخوند زاده به لحاظ نظری سخنی بی بنیاد و سطحی است.
آخوند زاده در رساله الفبای جدید،به گونه ای سخن می گوید که گویی اساس همه گرفتاری های ایران،الفبای فارسی است.این رویکرد سطحی او درباره تغییر الفبا و خط،با تمایلات شدید ناسیونالیستی وی تلازم و پیوند دارد...
آخوند زاده در (رساله)"مکتوبات"،دشمنی خود را با دین اسلام و روحانیت و اساسا هر نوع رویکرد دینی آشکار می سازد. او خود می نویسد که "مکتوبات کمال الدوله": را جهت آنچه به خیال خود "هدم اسلام" می داند،نوشته است.او می نویسد: « بعد از چندی، به خیال اینکه...سد راه سیویلیزاسیون در ملت اسلام، دین اسلام و فناتیزم آن است. برای هدم اساس این دین و رفع فناتیزم...و برای اثبات وجوب پروتستایزم در اسلام،به تصنیف کمال الدوله شروع کردم»
... آخوند زاده بین دین اسلام و استبداد تلازم ذاتی قائل است و در تمثیلات نیز مسلمانان را به صورت افرادی خرافه پرست و راهزن و قاچاقچی نشان می دهد که مأموران دولت تزاری (که آخوند زاده به ستایش ضمنی آنها می پردازد) به مبارزه با آنها می پردازند. آخوند زاده خود فردی ملحد و ماتریالیست است و اگر به تبلیغ پروتستانیزم اسلامی می پردازد،به این دلیل است که آن را زمینه ساز اسلام زدایی از ایران می داند.
در رساله "مکتوبات کمال الدوله"،دین اسلام(یا به تعبیر توهین آمیز و زشت او خیالات جفنگ و عقاید پوچ" که از نقل آن پوزش می خواهیم،اما جهت نشان دادن باطن ضد دینی آخوندزاده و زبان هتاک او از نقل آن ناگزیر بودیم) را علت به اصطلاح "عقب ماندگی" می داند و به شدت به روحانیت شیعه می تازد.او در "ملحقات" مدعی می شود که "حریت روحانی" مردم ایران را "اولیای دین اسلام"از آنها گرفته اند و مدعی می شود "از نعمت آزادی محرومیم" او
درجایی دیگر،دشمنی خود با اسلام را این گونه بیان می کند « از زمان هجرت تا امروز،رنج و غصه کشیده،در حسرت آزادی به سر برده ایم»
البته برای تمامی اهل نظر و افراد دارای وجدان های منصف و تفکر سالم روشن است که "آزادی" مقوله ای است که ذیل "تفکر" و "فرهنگ" تعریف می گردد و "حرّیت" آنگونه که در اسلام آمده، درواقع به معنای تقویت مراتب بندگی الهی جهت قرب به کمال وجودی و حق است.به همین دلیل ،آزادی آن گونه که در اسلام،مطرح می کند،موجب شکوفایی فطرت آدمی و محدود کردن و یا نابودی رذائل اخلاقی و آفات بهیمی و اموری چون شهرت طلبی و قدرت طلبی و سودمحوری و سوداگری می گردد و به همین دلیل است که مفهوم آزادی در اندیشه اسلامی با "آزادگی" تلازم دارد و ذیل تعبیر "حرّیت" مطرح می گردد. ...
... آن گونه که از بررسی های اسماعیل رایین بر می آید، آخوند زاده فراماسونر بوده است. ...
شهریار زرشناس- نگاهی کوتاه به تاریخچه روشنفکری در ایران جلد دوم ص19-24